Theo Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư, các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài được thành lập trước đây nếu có nhu cầu có thể làm thủ tục đăng ký lại để tổ chức và hoạt động theo quy định của những luật này; việc đăng ký được thực hiện trong thời hạn hai năm kể từ ngày Luật Doanh nghiệp có hiệu lực vào 1-7-2006. Như vậy, chỉ còn khoảng sáu tháng nữa là hết thời hạn cho phép nhưng như đã nói ở trên số lượng doanh nghiệp làm thủ tục đăng ký lại rất ít.

Theo luật gia Cao Thị Huyền Trang, Văn phòng Luật sư DC, nguyên nhân trước hết là vì việc đăng ký lại không có tính bắt buộc. Không có điều luật nào nói rằng nếu không đăng ký lại thì doanh nghiệp bị “đóng cửa”, ngược lại họ vẫn được hoạt động trong phạm vi giấy phép đầu tư đã cấp trước khi Luật Doanh nghiệp và Luật Đầu tư ra đời. Ngoài ra, có một số lượng lớn các doanh nghiệp không có nhu cầu gia hạn thời gian hoạt động, tăng vốn hoặc thay đổi nội dung đăng ký đầu tư. Nói cách khác, họ vẫn duy trì hoạt động theo giấy phép đầu tư cho đến khi nào chấm dứt dự án.

Tuy nhiên, có một thực tế là không ít trường hợp doanh nghiệp ngại đăng ký lại vì sợ sẽ phải chuốc thêm phiền phức, bất lợi. Theo Luật sư Nguyễn Gia Huy Chương, Văn phòng Luật sư P&P, mặc dù yêu cầu về nội dung hồ sơ đăng ký lại khá đơn giản nhưng quá trình thực hiện thủ tục hành chính vẫn là nỗi ám ảnh của các nhà đầu tư. Việc thực hiện đã phiền phức, lại cộng thêm tình trạng quá tải công việc ở các cơ quan quản lý đầu tư và đăng ký kinh doanh do sự gia tăng mạnh về số lượng doanh nghiệp đăng ký gần đây càng gây tâm lý ngán ngại cho các doanh nghiệp. “Nếu thủ tục hành chính tiện lợi như ở Singapore, Hồng Kông... (các doanh nghiệp có thể ngồi tại văn phòng để thực hiện thủ tục) thì có thể số lượng đăng ký lại sẽ đông hơn” - Luật sư Chương nói. Không chỉ nơi thực thi mà kể cả các cơ quan ban hành văn bản pháp luật cũng gây ra một số phiền phức. Luật Doanh nghiệp quy định lộ trình đăng ký lại được phép đến ngày 1-7-2008 nhưng mãi đến ngày 5-9-2007 Chính phủ mới ban hành Nghị định 139 hướng dẫn thủ tục cụ thể. Như vậy, doanh nghiệp chỉ còn vỏn vẹn khoảng 10 tháng - một khoảng thời gian quá ngắn để kịp trở tay.

Trong khi đó, không ít vấn đề vẫn còn mắc mứu, bỏ ngỏ đối với các nhà đầu tư, đặc biệt là quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp trước và sau khi đăng ký lại. Một mặt, các văn bản hướng dẫn của Chính phủ “hứa” vẫn tiếp tục bảo lưu những ưu đãi đã dành cho doanh nghiệp nhưng mặt khác một số ưu đãi này lại có thể bị chi phối bởi cam kết của Việt Nam với WTO. Theo ông Nguyễn Đình Cung, một số hình thức trợ cấp (tức ưu đãi đầu tư) vẫn được duy trì trong vòng năm năm kể từ ngày gia nhập WTO, riêng trợ cấp đối với xuất khẩu dệt may thì phải lập tức bỏ ngay. Ví dụ, phải bỏ ngay mức thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi 10% để thay vào đó mức thuế chung 28%. Tuy nhiên, cho đến nay bỏ ưu đãi đối với cả dệt lẫn may hay chỉ một trong hai lĩnh vực đó thì vẫn còn tranh cãi. Luật sư Hồng Diễm dẫn chứng thêm một trường hợp vướng mắc: có doanh nghiệp trước đây đã được cấp phép đầu tư thực hiện một số hoạt động thương mại. Vậy, khi đăng ký lại các hoạt động nhập khẩu và phân phối đã được cấp phép có được tiếp tục thực hiện nữa không hay sẽ bị hạn chế bởi biểu cam kết của Việt Nam với WTO? Theo Luật sư Phan Thị Hồng Diễm, luật sư Công ty Nestlé, vấn đề này cần được hướng dẫn thống nhất giữa Bộ Công thương và Bộ Kế hoạch và Đầu tư để các doanh nghiệp an tâm đăng ký lại. Cũng về vấn đề nói trên, Luật gia Trang cho rằng về nguyên tắc, doanh nghiệp đăng ký lại vẫn được giữ những ưu đãi theo giấy phép. Có điều khi đăng ký lại các doanh nghiệp phải hoạt động theo quy định của Luật Doanh nghiệp, Luật Đầu tư và các cam kết với WTO. Trong trường hợp này, nếu doanh nghiệp muốn mở rộng ngành nghề, chẳng hạn ngành nghề phân phối sản phẩm thì theo cam kết với WTO, vốn góp của doanh nghiệp nước ngoài không được vượt quá 51%. Quy định này buộc phía doanh nghiệp nước ngoài phải giảm tỷ lệ góp vốn, đây là điều mà ít có doanh nghiệp nào mong muốn.

Một lý do “tế nhị” khác khiến việc đăng ký lại vẫn còn lừng chừng, theo Tiến sĩ Lê Nết, giảng viên Đại học Luật TPHCM, có thể vì các bên thiểu số trong các liên doanh không muốn mất quyền - quyền về nguyên tắc nhất trí được quy định tại Luật Đầu tư nước ngoài trước đây. Theo quy định này, những vấn đề quan trọng trong liên doanh như phương hướng hoạt động, kế hoạch kinh doanh, nhân sự chủ chốt... đều phải được hội đồng quản trị quyết định theo nguyên tắc nhất trí 100%, nghĩa là phải được mọi thành viên đồng ý, kể cả thành viên đó đại diện cho vài phần trăm vốn góp của một bên. Đến năm 2005, Luật Doanh nghiệp ra đời đã bãi bỏ việc bắt buộc áp dụng nguyên tắc nhất trí, cho phép các bên áp dụng nguyên tắc đa số khi biểu quyết các vấn đề quan trọng trong liên doanh. Nói cách khác, nếu áp dụng theo nguyên tắc đa số thì quyền lực của bên thiểu số có nguy cơ bị lung lay. Vụ tranh chấp giữa các bên trong liên doanh khách sạn Hyatt gần đây cho thấy về bản chất cũng là tranh chấp xung quanh việc áp dụng nguyên tắc nhất trí hay nguyên tắc đa số. Một bên (thiểu số góp vốn) dựa vào nguyên tắc nhất trí để không đồng ý chuyển giao quyền lực cho phía bên kia; ngược lại bên kia (đa số góp vốn) lại viện dẫn nguyên tắc đa số theo luật mới để giành lại quyền lực. Trong “cuộc chiến” này, bên thiểu số có vẻ như đang giành được ưu thế vì theo quy định, việc bắt buộc áp dụng nguyên tắc nhất trí chỉ được bãi bỏ sau khi doanh nghiệp đã làm thủ tục đăng ký lại. Mà việc đăng ký lại hay không lại phụ thuộc vào ý muốn của các bên, trong đó có bên thiểu số. 

Mặc dù yêu cầu về nội dung hồ sơ đăng ký lại khá đơn giản nhưng quá trình thực hiện thủ tục hành chính vẫn là nỗi ám ảnh của các nhà đầu tư. Việc thực hiện đã phiền phức, lại cộng thêm tình trạng quá tải công việc ở các cơ quan quản lý đầu tư và đăng ký kinh doanh do sự gia tăng mạnh về số lượng doanh nghiệp đăng ký gần đây càng gây tâm lý ngán ngại cho các doanh nghiệp.